İsmail Hakkı Pekin, 2003 yılında Özel Kuvvetler Komutanlığına atanan Sadık Ercan’ın, Levent Göktaş’ı bazı hareketleri ve kendisine iletilen bilgiler nedeniyle görevden uzaklaştırmak istemiş olabileceğini belirtti. Pekin, o dönemde Genelkurmay 2. Başkanı olan Yaşar Büyükanıt’ın, Göktaş’ın Özel Kuvvetler’den alınarak Eğitim Doktrin Komutanlığı (EDOK) bünyesine verilmesini istediğini söyledi. Bu değişikliğin, Göktaş’ın bazı yanlış davranışları veya duyumlar nedeniyle pasif göreve çekilmesi amacı taşıdığını ifade etti.

Pekin, 2003’te Yaşar Büyükanıt’ın 1. Ordu Komutanı, Aytaç Yalman’ın ise Kara Kuvvetleri Komutanı olduğu dönemde yaşananları şöyle anlattı: Yalman’ın kendisini çağırarak Göktaş’ı birliğine geri iade etmesini istediğini, ancak Pekin’in bu emrin Genelkurmay 2. Başkanı kararıyla EDOK’a gönderilme olduğunu belirtmesi üzerine Yalman’ın Göktaş’ı kendi birliğinde ancak pasif bir göreve vermesini talep ettiğini aktardı. Böylece Göktaş, Özel Kuvvetler içinde öğretim başkanlığına atandı. Daha sonra Genelkurmay 2. Başkanı İlker Başbuğ, Göktaş’ın Özel Kuvvetler’e dönüşünü sorguladığında, Pekin emrin Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman’dan geldiğini bildirdi.

Pekin, Levent Göktaş’ın kendisiyle ilgili abartılı efsaneler yarattığını, PKK mensuplarını tek başına etkisiz hale getirdiği yönünde söylemler bulunduğunu belirtti. Göktaş’ın MİT Müsteşarı olmayı hedeflediğini ve bu amaçla lobi faaliyetleri yürüttüğünü ifade etti. Pekin, Hakan Fidan’ın 2008’den itibaren MİT Müsteşarı olacağının bilindiğini, bu nedenle Göktaş’ın bu görev için gerçekçi olmayan beklentiler içinde olduğunu kaydetti.